El paquete MicrobiomeStat es una herramienta de R dedicada para explorar datos longitudinales del microbioma. También acomoda datos multi-ómicos y estudios transversales, valorando los esfuerzos colectivos dentro de la comunidad. Esta herramienta tiene como objetivo apoyar a los investigadores a través de sus extensas consultas biológicas a lo largo del tiempo, con un espíritu de gratitud hacia los recursos existentes de la comunidad y un ethos de colaboración para avanzar en la investigación del microbioma.
Noticias
📢 Actualización (20 de octubre): La interfaz de Shiny ya está oficialmente disponible para su uso. Actualmente está configurada para manejar análisis de conjuntos de datos pequeños a medianos. Puede acceder a la interfaz a través de este enlace.
En caso de que las limitaciones del servidor afecten su análisis, o para aquellos que prefieren trabajar con módulos más pequeños, recomendamos usar nuestro paquete directamente. Para una implementación más flexible, considere clonar nuestro repositorio Shiny desde aquí y desplegarlo en su servidor local o computadora.
Agradecemos su comprensión y participación continua.
Citas
Cita general para MicrobiomeStat
Si está utilizando funciones más allá de linda y linda.plot, cite de la siguiente manera, hasta que se publique una versión preimpresa:
Cita para funciones especializadas de MicrobiomeStat
Si está utilizando las funciones linda, linda.plot, generate_taxa_association_test_long, generate_taxa_test_pair, generate_taxa_test_single, o generate_taxa_trend_test_long, cite el siguiente artículo:
@article{zhou2022linda,
title={LinDA: linear models for differential abundance analysis of microbiome compositional data},
author={Zhou, Huijuan and He, Kejun and Chen, Jun and Zhang, Xianyang},
journal={Genome biology},
volume={23},
number={1},
pages={1--23},
year={2022},
publisher={BioMed Central}
}Actualizaremos las pautas de citación tan pronto como se publique el preprint.
Nota importante sobre la versión CRAN
El paquete MicrobiomeStat está en desarrollo continuo. Como resultado, las características más recientes aún no se han incorporado en la versión disponible en el repositorio CRAN. La versión actual de CRAN solo admite las funciones linda y linda.plot. Para los usuarios que requieren un rango más amplio de funcionalidades, especialmente aquellas relacionadas con el análisis de datos longitudinales, se recomienda instalar la versión de desarrollo directamente desde GitHub. Este proceso requiere la instalación previa del paquete devtools.
install.packages("devtools")Una vez instalado devtools, puede instalar MicrobiomeStat desde GitHub utilizando el siguiente comando:
devtools::install_github("cafferychen777/MicrobiomeStat")Tabla de contenidos
Tutoriales en línea
MicrobiomeStat proporciona un conjunto completo de herramientas para el análisis de datos del microbioma, que abarca una variedad de funciones desde la entrada de datos hasta la visualización.
Para familiarizar a los usuarios con MicrobiomeStat, ofrecemos un extenso tutorial en línea en GitBook. El tutorial cubre las siguientes áreas:
- Instrucciones de instalación y configuración
- Estas pautas ayudan a garantizar que su configuración esté correctamente configurada y optimizada.
- Demostraciones de análisis basadas en escenarios del mundo real
- Estas demostraciones proporcionan conocimientos prácticos y habilidades.
- Ejemplos de código para la práctica
- Estos ejemplos permiten a los usuarios familiarizarse con las prácticas de codificación de
MicrobiomeStat.
- Estos ejemplos permiten a los usuarios familiarizarse con las prácticas de codificación de
- Guías para interpretar resultados y crear visualizaciones
- Estas guías ayudan a los usuarios a entender y presentar eficazmente sus datos.
- Respuestas a preguntas frecuentes
- Esta sección proporciona soluciones rápidas a preguntas comunes.
Familiarízate para una experiencia sin problemas
Para una experiencia sin problemas con MicrobiomeStat, aprovecha al máximo estos recursos enriquecedores:
Descubriendo MicrobiomeStat
El ámbito de la investigación del microbioma es intrincado y avanza continuamente. Las herramientas analíticas seleccionadas pueden desempeñar un papel crucial en la navegación a través del viaje de investigación. En este escenario, MicrobiomeStat tiene como objetivo ser un compañero de apoyo.
Agradecimientos
Nos apoyamos en los hombros de gigantes con MicrobiomeStat, y nuestra gratitud sincera va a los diligentes y brillantes desarrolladores de las dependencias en las que se basa nuestro paquete. Sus esfuerzos notables no solo han hecho posible nuestro trabajo, sino que también han elevado significativamente los estándares de las herramientas computacionales disponibles para la comunidad científica:
- Dependencias principales:
- R (>= 3.5.0), rlang, tibble
- Paquetes importados:
- ggplot2, matrixStats, lmerTest, foreach, modeest, vegan, dplyr, pheatmap, tidyr, ggh4x, ape, GUniFrac, scales, stringr, rmarkdown, knitr, pander, tinytex
- Paquetes sugeridos:
- ggrepel, parallel, ggprism, aplot, yaml, biomformat, Biostrings
Además, extendemos nuestro más profundo agradecimiento y respeto a los pioneros en la comunidad de investigación del microbioma que han creado y mantenido las siguientes herramientas notables. Su trabajo pionero ha trazado caminos a través del complejo paisaje del análisis de datos del microbioma, y nos sentimos verdaderamente honrados de caminar junto a ellos:
-
microbiomeutilities,phyloseq,microbiomemarker,MicrobiomeAnalyst,microbiomeeco,EasyAmplicon,STAMP,qiime2, yMicrobiotaProcess
Sus contribuciones nos inspiran a continuar mejorando y expandiendo las capacidades de MicrobiomeStat, y esperamos sinceramente que nuestra humilde adición resulte ser un complemento útil para la increíble variedad de herramientas ya disponibles para los investigadores.
Soporte al usuario
MicrobiomeStat está diseñado pensando en los usuarios. Hay documentación y tutoriales disponibles para ayudar tanto a los investigadores novatos como a los experimentados. Antes de publicar una pregunta o problema, alentamos a los usuarios a verificar las preguntas y problemas anteriores para ver si el tema ya ha sido abordado.
En caso de que tenga comentarios o preguntas específicas sobre la documentación de una función en particular y encuentre que el cuadro de búsqueda de RStudio conduce a un error 404, puede acceder directamente a la documentación de la función en https://cafferychen777.github.io/MicrobiomeStat/reference/index.html.
Si su pregunta o problema no ha sido abordado previamente, no dude en abrir un nuevo problema en GitHub. Fomentamos activamente el intercambio y la colaboración entre investigadores, desarrolladores y usuarios de todo el mundo. Para promover una comunicación más fluida y eficiente a nivel global, le sugerimos hacer sus preguntas en inglés. Esto permite que un público más amplio comprenda y participe en la discusión, y nos asegura poder brindarle asistencia de manera más rápida y precisa. ¡Gracias por su comprensión y apoyo! Estamos aquí para ayudarlo a navegar cualquier desafío que pueda encontrar.
Desarrollo en curso
Asegurar que MicrobiomeStat siga siendo una herramienta líder en su categoría requiere un desarrollo continuo. Estamos dedicados a las actualizaciones regulares y a abordar los comentarios de los usuarios. Como parte de nuestros esfuerzos de mejora continua, hemos desarrollado una interfaz Shiny para MicrobiomeStat, que ofrece una forma interactiva y fácil de usar para realizar análisis de datos de microbiomas. La interfaz Shiny se mantiene y mejora activamente junto con el paquete principal. Puedes acceder a los archivos de la aplicación Shiny y las instrucciones para la configuración local en su repositorio de GitHub dedicado.
Desarrollo colaborativo
MicrobiomeStat es una herramienta de código abierto, y valoramos mucho las contribuciones de la comunidad. Si tiene sugerencias, mejoras o comentarios para futuras direcciones de desarrollo y adiciones de características, se aceptan solicitudes de extracción, y también puede compartir sus ideas en el área de discusión de nuestro repositorio de GitHub. Participa con otros miembros de la comunidad y ayúdanos a hacer de MicrobiomeStat una herramienta aún más útil para la investigación del microbioma.
Conclusión
MicrobiomeStat tiene como objetivo servir como un recurso confiable y eficiente para el análisis de datos del microbioma. Extendemos una invitación a aquellos que valoran la colaboración de código abierto para unirse a nuestra comunidad y contribuir a su desarrollo continuo.
| Característica | Descripción |
|---|---|
| Importación y conversión de datos | Acomoda múltiples formatos de entrada de plataformas como QIIME2, Mothur, DADA2, Phyloseq y otros. |
| Análisis de estudios transversales | Ofrece un análisis exhaustivo para estudios transversales. |
| Análisis de muestras emparejadas | Proporciona herramientas para el análisis de muestras emparejadas. |
| Análisis de estudios longitudinales | Facilita la exploración de la dinámica temporal del microbioma. |
| Funciones de generación de informes | Incluye funciones de informes individuales para estudios transversales, emparejados, longitudinales diseños de estudio. Se está desarrollando una interfaz Shiny para informes con un solo clic. |
| Capacidades de visualización | Admite una amplia gama de estilos de visualización. |
| Desarrollo en curso | Comprometido con el refinamiento continuo de las características existentes y la adición de nuevas funcionalidades. |
Este enfoque asegura que los usuarios puedan navegar sin esfuerzo por las secciones específicas de la documentación de MicrobiomeStat, obteniendo información detallada y directrices para diversos tipos de análisis. La estructura y accesibilidad ayudan a los usuarios a aprovechar eficazmente MicrobiomeStat para sus necesidades de análisis de datos del microbioma.
Informes de demostración
Para aquellos interesados en ver MicrobiomeStat en acción, hemos preparado informes de demostración adaptados a diferentes diseños de estudio:
- Diseño de estudio transversal: Informes de análisis microbiano con MicrobiomeStat
- Análisis de muestras emparejadas: Informes de análisis microbiano con MicrobiomeStat
- Diseño de estudio longitudinal: Automatización del análisis del microbioma con MicrobiomeStat
Te animamos a explorar estos ejemplos y descubrir las poderosas capacidades de nuestra herramienta.
Asistencia e información de contacto
Para asistencia o consultas, no dudes en contactar a:
| Nombre | Correo electrónico |
|---|---|
| Dr. Jun Chen | Chen.Jun2@mayo.edu |
| Chen Yang | cafferychen7850@gmail.com |
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Únete a nuestra comunidad de Discord para mantenerte al día con las últimas actualizaciones, desarrollos y mejoras en MicrobiomeStat. Sé parte de vibrantes discusiones, haz preguntas, comparte ideas y obtén apoyo de compañeros y expertos por igual:
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